نقش سید محمد باقر شفتی در جنگ هرات
کمی پیش از این ماجرای لشکرکشی شاه به اصفهان، و به هنگام محاصرهٔ هرات، مک‌نیل وزیر مختار بریتانیا در ایران، به سبب فتنه‌انگیزی و وقت‌کشی به قصد رسیدن کشتی‌های جنگی بریتانیا به جنوب ایران، از اردوی شاه اخراج شد. قبل از خروج از ایران، از زنجان، نامه‌ای «مبنی بر اخلال و افساد امور دولتی» به سید محمد باقر شفتی مجتهد مقتدر و معروف اصفهان، معروف به حجت الاسلام نوشت، تا به نوعی از فاصلهٔ میان شاه و او به سود دولت خود بهره‌برداری کند. این نامه بعداً مورد اعتراض رسمی دولت ایران قرار گرفت. (شرح مأموریت آجودان‌باشی، ۴۱۵)
هما ناطق بدون ذکر منبع می‌نویسد: «بدتر و مهم‌تر از همه داستان هرات بود، در ۱۸۳۷. شفتی با سفیر انگلیس علیه حکومت متحد شد و همراه با روحانیون دیگر فتوا داد که لشکرکشی محمد شاه به هرات خطاست. همچنین فرستادهٔ انگلیس، دکتر مک‌نیل، پیشوای مسلمانان را در اعلام خودمختاری از حکومت مرکزی مشوق آمد.» (ایران در راهیابی فرهنگی، ۵۶) ماشاءالله آجودانی، هم همین موضوع را به نقل از ناطق بازگو کرده است. (مشروطهٔ ایرانی، ۹۹) منبعی برای این فتوای مجعول وجود ندارد و از قضا پاسخ شفتی به نامهٔ مک‌نیل، خلاف گفتهٔ ناطق را نشان می‌دهد. به علاوه مکتوبات دیگری از علما در دست است که نشان از تشویق مردم به حمایت از شاه در جنگ هرات دارد. (مکتوبات و بیانات سیاسی و اجتماعی علمای شیعه ج۱، ۱۷۵)
شفتی نامهٔ نسبتاً مفصلی به مک‌نیل نوشته که در آن مطاب مک‌نیل را هم به خلاصه آورده است. در ابتدای نامه، شفتی مطالب مک‌نیل را در رد اتهامات خود و انتقاد از دولت ایران در ۹ بند خلاصه کرده و سپس به هر ۹ مورد پاسخ داده است. در پاسخ به مطلب اول، نه تنها لشکرکشی شاه را به هرات تأیید می‌کند، که لزوم آن‌را، همچون حُسنِ عدل و قُبحِ ظم، از بدیهیات عقلیه می‌شمرد. (مکتوبات ج۱، ۱۷۹) در پاسخ به بند دوم می‌نویسد: «ظاهر این است که امنای دولت بَهیّه، به مفاسد اعمال اهالی ترکستان به نحوی که مرقوم شد مطلع نباشند و شما هم درست ملتفت نباشید و الا نباید ایشان را کراهتی و شما را ملالتی از تسخیر دولت علّیه، ترکستان [را] بوده باشد.» (همان، ۱۸۲)
از کتاب مسافرت به ایران، نوشتهٔ مُریتز فون کُتزبوئه* (فرزند 
هنری مارتین پادری،